網站結構分為物理結構和邏輯結構兩種，很多剛剛接觸SEO的新手，往往搞不清楚物理結構和邏輯結構的異同，進而造成自己的網站結構規劃很亂，不但搜索引擎不容易快速建立起網站的整體結構體系，訪問者更是很難找到自己想要的資料，這無疑對SEO的效果起著非常不好的作用。
下面簡單介紹一下網站物理結構和邏輯結構的實際例子，以便讀者快速理解、熟悉這兩種典型結構。
什麼是物理結構網站物理結構指的是網站目錄及所包含文件所存儲的真實位置所表現出來的結構，物理結構一般包含兩種不同的表現形式：扁平式物理結構和樹形物理結構。
對於小型網站來說，所有網頁都存放在網站根目錄下，這種結構就是扁平式物理結構。
采用扁平式物理結構的網站，頁面URL地址一般如下：
http://www.xxx.com/index.html
http://www.xxx.com/wenzhang1.html
http://www.xxx.com/wenzhang2.html
http://www.xxx.com/wenzhang3.html
這種扁平式物理結構對搜索引擎而言是最為理想的，因為蜘蛛只要一次訪問即可遍歷所有頁面。但是，如果網站頁面比較多，太多的網頁文件都放在根目錄下的話，查找、維護起來就顯得相當麻煩，所以，扁平式物理結構一般適用於只有少量頁面的小型、微型站點。
對規模大一些的網站，往往需要二到三層甚至更多層級子目錄才能保證網頁的正常存儲，這種多層級目錄也叫做樹形物理結構，即根目錄下再細分成多個頻道或目錄，然後在每一個目錄下面再存儲屬於這個目錄的終極內容網頁。
采用樹形物理結構的網站，頁面地址一般如下：
http://www.xxx.com/index.html
http://www.xxx.com/lanmu1/
http://www.xxx.com/lanmu2/
http://www.xxx.com/lanmu3/
http://www.xxx.com/lanmu1/wenzhang1.html
http://www.xxx.com/lanmu1/wenzhang2.html
http://www.xxx.com/lanmu2/wenzhang1.html
http://www.xxx.com/lanmu2/wenzhang2.html
http://www.xxx.com/lanmu3/wenzhang1.html
http://www.xxx.com/lanmu3/wenzhang2.html
采用樹形物理結構的好處是維護容易，但是搜索引擎的抓取將會顯得相對困難一點點。目前互聯網上的網站，因為內容普遍比較豐富，所以大多都是采用樹形物理結構。
什麼是邏輯結構網站的邏輯結構也叫做鏈接結構，主要是指由網頁內部鏈接所形成的邏輯結構。邏輯結構和物理結構的區別在於，邏輯結構由網站頁面的相互鏈接關系決定，而物理結構則由網站頁面的物理存放位置決定。
在網站的邏輯結構中，通常采用“鏈接深度”來描述頁面之間的邏輯關系。“鏈接深度”指從源頁面到達目標頁面所經過的路徑數量，比如某網站的網頁A中，存在一個指向目標頁面B的鏈接，則從頁面A到頁面B的鏈接深度就是1。
與物理結構類似，網站的邏輯結構同樣可以分為扁平式和樹形兩種：
— 扁平式邏輯結構：扁平式邏輯結構的網站，實際上就是網站中任意兩個頁面之間都可以相互鏈接，也就是說，網站中任意一個頁面都包含其他所有頁面的鏈接，網頁之間的鏈接深度都是1。目前的網絡上，很少有單純采用扁平式邏輯結構作為整站結構的網站。
— 樹形邏輯結構：是指用分類、頻道等頁面，對同類屬性的頁面進行鏈接地址組織的網站結構。在樹形邏輯結構網站中，鏈接深度大多大於1。