在搜索引擎蜘蛛程序未誕生之前，分類目錄以其人工的方式，對互聯網優秀站點，進行人工編輯提交，然後供浏覽的人們，快速找到相應網站。而隨著網站數量級的增大，普通網民很難通過分類目錄找到自己想要找到的站點，因此搜索引擎就作為一種自動化的網站收錄以及索引程序就蓬勃而出了。
網站目錄是一套人工編輯的分類目錄，由編輯人員人工創建多個展示的分類。站長可以在不間分類裡提交網站，目錄編輯在後台審核所提交的網站，將網站放置於相應的分類頁面，有的時候編輯也主動收錄網站，典型的網站目錄包括雅虎目錄、DMOZ開放目錄、hao123等。分類目錄並不是真正的搜索引擎，雖然網站目錄也常有一個搜索框，但目錄的數據來源是人工編輯得到的，搜索引擎和目錄兩者各有優劣。搜索引擎收錄的頁面數遠遠高於目錄能收錄的頁面數，但搜索引擎收錄的頁面質量參差不齊，對網站內容和關鍵詞提取的准確性通常也沒有目錄高。
目錄能收錄的通常只是網站首頁，而且規摸十分有限，不過收錄的網站通常質量比較高。像雅虎開放目錄、hao123這些大型目錄,收錄標准非常高,目錄收錄網站時存儲的頁面標題、說明文字娜是人工編輯的，比較准確。搜索引擎數據更新快,而目錄中收錄的很多網站內容十分陳舊,甚至網站可能己經不再存在了。
雅虎目錄、搜孤目錄等曾經是用戶在網上尋找信息的主流方式，給用戶的感覺與真正的搜索引擎也相差不多，這也就是目錄有時候被誤稱為“搜索引擎的一種”的原因。但隨著Google等真正意義上的搜索引擎發展起來，目錄的使用迅速減少，現在己經很少有人使用網站目錄尋找信息了。現在的網站目錄對SEO的最大意義是建設外部鏈接，像雅虎、開放目錄、hao123等都有很高的權重，可以給被收錄的網站借來一個高質量的外部鏈接。
互聯網的創新日新月異，舊的事物面臨淘汰，新的事物不斷湧現，給互聯網帶來勃勃生機，但是無論時代再發展，搜索引擎再智能，分類目錄存在的價值還是有一定的不可替代性，尤其作為hao123這樣的導航類站點，還是作為普通網民的導航網址站，仍然無法撼動。SEO學習應該是一個長期的過程，應該從SEO基礎學習，掌握正確的學習方法，加強與高手之間的SEO交流，循序漸進，終有所成。了解搜索引擎與分類目錄的歷史與差異，對SEO人員同樣不可或缺。
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