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網站結構是指網站中頁面之間的層次關系，一般分為物理結構和邏輯結構。
　　網站物理結構指的是網站的目錄以及文件夾的結構所代表的網站中網頁的相對和絕對存儲位置的層級結構。一般的網站的層級結構分為三層，根目錄，主導航欄目文件夾，主導航欄目下面的副導航欄目文件夾。當網站的欄目文件越多，越復雜的時候，網站的層級結構也就會越復雜。上面講的是比較常見的樹形網站物理結構。還有一種網站物理結構是扁平化結構，不像樹形結構一樣具有層級結構，而是將所有的頁面都存儲在相同的文件夾下，扁平式結構一般適用於只有少量頁面的小型、微型站點。

　　網站的邏輯結構也稱作鏈接結構，主要是展示網站中網頁之間的鏈接結構的，在網站的邏輯結構中，通常采用“鏈接深度”來描述頁面之間的邏輯關系。“鏈接深度”是指從源頁面到達目標頁面所經過的路徑數量，比如某個頁面的網頁A中，存在一個指向目標頁面B的鏈接，則從頁面A到頁面B的鏈接深度就是1。網站的鏈接結構直接跟站內權重的分配是掛鉤的。可以通過將重要的鏈接放在頁面中的重要位置或者增加重要頁面鏈接的多次導入來增加該頁面的權重，通過這個方法，可以有效的通過內部鏈接來提升排名頁面的權重。為了降低頁面權重的流失，我們可以在網站上加上NOFOLLOW標簽，避免網站中頁面的權重流向那些不重要的或者不可能帶來流量的頁面，從而起到權重集中的作用。
　　一般來說，好的網站結構能夠引導蜘蛛的抓取，增加重要頁面的收錄數量，並且還能將網站中權重的利用率達到最大，引導權重導出到重要的頁面，增加排名關鍵詞的數量，進一步提升網站的權重值。首頁的權重是整個網站中最高的，因此，我們可以將一些重要的排名頁面的鏈接放於首頁上，可以讓蜘蛛最先抓取、收錄，並且提升排名頁面的權重，獲得關鍵詞的排名。
　　最好的網站結構是能幫助用戶迅速的找到自己所需要的信息，擁有合理的網站布局，且有利於蜘蛛的抓取，從而有效的增加頁面的收錄。良好網站結構的標准是：第一，網站的結構清晰，沒有死鏈，這是最基本的標准。第二，網站的層級和鏈接結構越短越好。第三，重要的頁面要放在百度優先抓取的位置，縮短蜘蛛的抓取深度。