國內做網站自然排名優化的話，主要做的是百度搜索引擎，所以一般就以百度為代表說一下網站被引擎懲罰的一些原因分析主要是針對站內的。對於網站來說的話，在做優化的時候我們不外乎是分為站內跟站外。同樣的話，當我們受到百度的懲罰的時候，也不外乎站內跟站外出來意外，惹惱了百度。所以的話在這裡講解網站被百度懲罰的原因分析的時候，最為主要的還是講解站內的。
首先說一下站內，如果網站挨百度懲罰的話，那麼很大一部分的原因可能是出於站內。可以這樣來做一個逆向的思考，如果因為站外的因素而使得自己的網站被受懲罰的話，那麼因為站外因素的一個可操作性（比如說是，群發外鏈等），就可以操縱站外的一些因素來擊倒對手，那麼就會比較的容易造成一個惡性的循環。這樣的操作是覺得的不利於互聯網上面的健康環境的，所以應該來說的話，百度是不會做這樣的傻事的。
對於站內的話，因為是自己的網站，所以自己比較的容易控制。一定程度的技術優化比如說突出關鍵詞，對於網站的優化，百度的識別是比較的有幫助的。但是從另外一面來看的話，因為技術的優化能夠對網站的自然排名有幫助，那麼為了更加突出自己的網站，很輕易的就會造成了過度的一個技術優化。比如說之前經常會出現的關鍵詞堆砌就是這樣的一個問題。而在早些年的時候在首頁keywords上面堆很多的關鍵詞，或者在標題上堆砌很多的關鍵詞，確實能夠在百度的自然排名中有一個比較好的效果。但是隨著引擎的算法更新，這樣的一個做法現在來看是越來的越不明智了。同樣的以增加關鍵詞密度為目的的增加一個隱藏的內容來給百度看，這樣也是不明智的。
對於站內的優化的話，內鏈的分布不合理同樣也是百度進行懲罰的一個很重要的原因。其中包括比較廣為人知的“蜘蛛陷阱”，同樣也是因為內鏈無法被百度捉取，從而蜘蛛無法比較有效的爬行整個網站而產生的一個比較嚴重的錯誤。網站的文章頁是做網站推薦內鏈一個比較不錯的地方，但是這是一把雙刃劍，其推薦的鏈接應該是具有推薦意思，而且建議不要設置過多。有些人比較的喜歡將其鏈接回首頁，個人感覺這樣做是比較的不妥當的，也發現一些這樣的案例，但是因為這樣的案例同時包含很多的作弊或者過度的因素，所以的話一時未能比較肯定的說出這樣做法的一些弊端。
對於站外的話，主要指的就是友情鏈接了。友情鏈接應該來說是一項比較好的雙贏雙惠的友好局面。但是這個也是一把雙刃劍，如果友站被懲罰的話，那麼百度很快的就能夠順著友情鏈接的關鍵詞來進行尋找相關的網站，並對該網站進行判定是否是懲罰的對象。對於群發外鏈是否會對網站造成一個比較嚴重的後果，這方面個人保留意見。但是對於站外因素的話，應該來說考慮得更加多的應該是友情鏈接。
除了站內、站外的話，還有一些是客觀上面的原因，這方面原因的話，我們似乎是比較的無能為力的。比如說同ip網站被k掉，比如說百度算法的更新，比如說服務器突然出現故障。面對應這些問題的話，我們只能祈求這些是一些小概率事件，不會降臨到我們頭上了。