網站目錄是指建立網站的時候所創建的文件目錄及所包含的文件所表現出來的結構，類似windows的文件目錄結構。網站目錄的結構往往容易被很多站長所忽略，但其實網站目錄結構的層級對SEO的影響很大：目錄層級不能太深，結構要相對簡單，這樣搜索引擎的訪問就更容易。
對於小型網站來說，可以采用將所有網頁都放在網站根目錄下的扁平式結構。這種單一目錄的結構對搜索引擎而言是最為理想的，因為只要一次訪問即可遍歷。但是對於規模大一些的網站，往往需要二到三層甚至更多層級子目錄才能保證文件內容頁的正常存儲，這種多層級目錄也叫做樹型結構。即根目錄下再細分成多個頻道或欄目，然後在每一個目錄下面再存儲屬於這個目錄的終極內容網頁，這樣的好處是維護容易，但是對於搜索引擎的抓取將會顯得相對困難些。
對於欄目的優化：筆者鼓勵各位站長按不同網站欄目分別建立子目錄，且盡量使用意義明確的目錄名稱。比如可將圖片放到/image/，css文件歸放到/css/目錄，等等。但是注意盡量不要使用中文名稱（可以漢語拼音或英文名代替），但目錄名稱也不宜太過冗長，URL應該越短越好。比如筆者的114網站目錄電腦網絡分類我們沒有將這個目錄命名為/diannaowangluo/，而是使用了/diannao/這樣的名稱，這樣即包含關鍵詞又能保證URL不至於過長。如果你覺得這個關鍵詞組都很重要，一定都要包含的話，建議使用“-”連字符進行分隔，即/diannao-wangluo/。
再來看看頁面級文件的優化：最開始筆者也是使用（/欄目名/內容頁）的形式，但是經過一段時間的使用發現很多網站會更改網站的主題，這時就需要對網站的分類進行調整。這樣操作起來會相對麻煩一些，而且涉及到要更改內容頁的URL，對搜索引擎來說也是不友好的。所以權衡之下，我們采用了將網頁統一歸類於/www/目錄下的形式，比如：114網站目錄收錄ChinaZ站長之家的URL為：http://www.114mulu.com/www/chinaz_com.asp，這樣即在URL中充分體現了站長之家（www.chinaz.com）這個網址，而且也方便日後調整網站分類。
最後，筆者在此還要提醒各位站長朋友：域名、目錄和頁面的權重是不一樣的。在關鍵詞排名競爭時，獨立域名是最具排名優勢的（且一級域名大於二級域名），目錄級其次，最後才是頁面級。因此，如果關鍵詞排名前十位的大多數是頁面級的站點在競爭，那我們就可以在網站之下建立一個目錄來參與競爭；如果前十名都是目錄級，那我們就可用域名級來爭取排名；如果前十名都是域名級，那就要PK網站的權重和內容質量了。
感謝 114目錄 的投稿