B2B電子商務網站優化已經成為B2B網站網絡營銷策略中最基本的內容，一個整體優化狀況不好的B2B電子商務平台，不僅用戶發布的供求信息難為潛在用戶提供足夠的購買決策信息，這些信息甚至很擔被潛在用戶通過網站內部分類目錄、站內檢索，以及公共搜索引擎檢索到，也就意味著網站優化狀況不良的B2B電子商務平台/行業信息網站可以為用戶帶來的商業價值是很小的。所以這也就不難理解為什麼B2B電子商務領域首先成為網站優化需求最迫切的行業。
相對於其他類型的網站，B2B電子商務網站有一定的特殊性，並且具有明顯的B2B行業特征，例如產品供應信息分類、公司名錄分類、用戶自行發布產品供求信息和企業信息等，也正是因為這些特殊性造成B2B網站優化與其他網站有一定的特殊性。
根據新競爭力網絡營銷管理顧問為國內外多家大中型B2B網站提供網站優化方案和網站優化實施過程指導的經驗，除了一般網站所具有的網站欄目結構和導航系統不清晰、網頁布局不合理，網頁標題和META標簽設計不專業等基本問題之外，B2B電子商務網站優化中還有一些特殊問題，下面列舉了B2B電子商務網站優化中的部分典型問題：網站欄目和產品分類設置問題;新發布的信息無法被搜索引擎收錄;動態網頁的制約;網頁標題設計及網頁內容的相關性問題等。
(1)網站欄目和產品分類設置不合理的綜合問題。B2B網站結構看起來簡單，無非是供應信息、求購信息、產品庫、企業庫等主要欄目，以及每個欄目下對不同行業、不同產品類別的分類，將相應的信息發布到相應的分類中。但實際上，B2B網站分類方法對於網站的整體優化狀況是至關重要的，因分類目錄不合理將造成用戶難以獲取網站信息、搜索引擎忽略二級欄目及二級欄目中的信息，以及網站PR值低等綜合問題。根據新競爭力對B2B網站優化研究的體會，B2B網站的欄目和分類目錄設置中的問題比較突出。
(2)大量新發布的信息無法被搜索引擎收錄。隨著供求信息發布量的增加，大量新發布的信息在不斷滾動更新，但很多新的信息還為等到搜索引擎收錄就已經滾動到多層次目錄之下，而由於網站結構層次設計不合理的原因，即使全部網頁都轉化為靜態網頁，仍有可能造成信息無法被搜索引擎收錄。
(3)動態網頁的制約因素。領先的網站早已經過網站優化改造實現了全部信息的靜態化處理，但B2B網站發展到今天，仍然有大量網站采用全動態網頁技術，甚至主欄目和二級欄目都是動態生成，這樣的動態網站已經無法在搜索引擎自然檢索結果中獲得任何優勢，即使網頁被搜索引擎收錄，也難以獲得比其他同類內容的靜態網頁有任何優勢，其結果是，通過搜索引擎自然檢索帶來的訪問量越來越少。
(4)網頁標題設計及網頁內容的相關性問題。在一般由網站維護人員編輯內容的網站中，網頁標題的設計以及網頁標題與網頁內容的相關性問題可以得到比較好的控制，但在用戶自行發布信息的B2B行業網站，網頁標題設計不專業以及與網頁內容相關性不高的問題比較突出，其後果是不僅供求信息內容網頁在搜索引擎中沒有競爭優勢，甚至可能影響整個網站的表現。在“搜索引擎檢索結果中的低質量網頁及其成因分析”中對此有所描述。?
而網頁標題設計的問題，則需要提高B2B網站維護人員自身專業水平的同時對用戶發布信息進行引導。關於網頁標題設計的重要性以及一般原則，我在“網頁標題設計原則與一般規律”及“再談網頁標題設計的意義及問題分析”等文章中做過全面的介紹。我在從事《B2B電子商務網站診斷研究報告》調查過程中，發現B2B類網站在網頁標題與網頁內容相關性方面的問題非常嚴重，除了極個別行業領先的2B網站之外，絕大多數網站都沒有合理的解決這個問題，甚至可能還沒有引起網站管理人員的重視。
B2B電子商務網站優化中還有很多形形色色的問題，除了網站優化中沒有考慮到的網站基本要素外，還有的是B2B網站技術人員自己在摸索著進行網站搜索引擎優化因為不當的操作所造成的種種問題，很多問題日積月累已經成了疑難雜症，不僅沒有達到網站優化的目的，反而讓網站出現更多的問題。對於此類問題，新競爭力將陸續給予分析。馮英健