優化網站結構有兩方面的意思，一是物理結構，二是邏輯結構。
網站物理結構指的是網站真實的目錄及文件所存儲的位置所決定的結構。
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一般來說比較好的物理結構可以有兩種，一是扁平式的，也就是所有網頁都存在網站根目錄下。像這樣:
http://www.domain.com/pageA.html
http://www.domain.com/pageB.html
http://www.domain.com/pageC.html
…….
所有這些頁都是在根目錄這一級別，形成一個扁平的物理結構。
這比較適合於小型的網站，因為如果太多文件都放在根目錄下的話，制作和維護起來都比較麻煩，容易搞亂。
第二種就是樹型結構，也就是根目錄下分成多個頻道，或者叫類別，目錄等，甭管名稱是什麼，都是一個意思，然後在每一個頻道下面再放上屬於這個頻道的網頁。比如頻道分為:
http://www.domain.com/cat1/
http://www.domain.com/cat2/
http://www.domain.com/cat3/
……
在頻道下再放入具體的內容網頁:
http://www.domain.com/cat1/pageA.html
http://www.domain.com/cat1/pageB.html
http://www.domain.com/cat1/pageC.html
……
網站結構的第二個意義指的是邏輯結構或鏈接結構，也就是由網頁內部鏈接所形成的邏輯的或鏈接的網絡圖。
比較好的情況是邏輯結構與前面的樹型物理結構相吻合，也就是說:
主頁鏈接向所有的頻道主頁
主頁一般不直接鏈接向內容頁，除非是你非常想推的幾個特殊的頁
所有頻道主頁都連向其他頻道主頁
頻道主頁都連回網站主頁
頻道主頁也連向屬於自己本身頻道的內容頁
頻道主頁一般不連向屬於其他頻道的內容頁
所有內容頁都連向網站主頁
所有內容頁都連向自己的上一級頻道主頁
內容頁可以連向同一個頻道的其他內容頁
內容頁一般不連向其他頻道的內容頁
內容頁在某些情況下，可以用適當的關鍵詞連向其他頻道的內容頁
頻道形成分主題
仔細讀前面這幾句話，你可以清楚的看到這些鏈接會很自然的形成一個樹型的網絡圖，而這種邏輯的或鏈接的網絡可以與物理結構重合，也可以不一樣。比如扁平式的物理結構網站也完全可以通過鏈接形成邏輯上的樹型結構。
對搜索引擎來說更重要的是由鏈接形成的邏輯結構。
有不少人有誤解，認為物理結構比較深的網頁不容易被搜索引擎收錄。比如說
http://www.domain.com/cat1/cat1-1/cat1-1-1/pageA.html
像這樣目錄結構比較深的網頁，是不是就不容易被收錄呢？那不一定，如果這個頁在網站的主頁上有一個鏈接，對搜索引擎來說它就只是一個僅次於主頁的二級網頁。
收錄的容易與否是在於離主頁有幾次點擊的距離，而不是它的物理位置。
對稍有些規模的網站來說，一般樹型邏輯結構的網站是比較好的。
從我看的網站來判斷，大部分中國人的網站邏輯思維比較清楚，所以大部分中文網站都是按照這種結構做成的。其實有不少英文網站的邏輯結構還真是蠻亂的。